از کیت های استخراج DNA ، که درون آن ها ستون های چرخش استفاده می شود ، در اکثر محیط های آزمایشگاهی به منظور جدا کردن DNA و RNA استفاده می شود . ستون های چرخش یک رزین سیلیکایی دارند که به صورت انتخابی به DNA یا RNA متصل می شود ، البته باید اشاره داشت که این اتصال به غلظت های نمک و دیگر فاکتور هایی بستگی دارد که در کیت استخراج DNA تحت تاثیر روش استخراج کردن واقع می شوند .
وجود این کیت های استخراج DNA سبب می شود که کل این فرآیند هنگامی که همه چیز بر وفق مراد باشد ، به نسبت روش های قدیمی آسان تر و سهل تر باشد ، ولی جنبه ی منفی به کار گیری یک کیت استخراج DNA این است که اگر اطلاع نداشته باشید چه چیزی داخل جعبه ی سیاه کیت استخراج DNA است ، عیب یابی به مراتب مشکل تر می شود .
روش پایه ی کیت استخراج DNA
در عمل استخراج یک DNA به وسیله ی کیت استخراج DNA سه مرحله ی اصلی و دو مرحله ی اختیاری ( انتخابی ) دیده می شود که به صورت زیر می باشند :
- شکافتن سلول ها ، که اغلب اوقات از آن به عنوان شکست سلولی یا لیز سلولی قید می شود ، تا DNA داخل آن پدیدار گردد ، این چنین چیزی معمولا به واسطه ی شیوه های فیزیکی و شیمیایی داخل کیت استخراج DNA به دست می آید یعنی ترکیب کردن ، خردسازی نمونه یا قرار دادن آن در برابر لرزش های اولترا سونیک .
- حذف لیپید های غشاء به وسیله ی اضافه کردن یک دترجنت یا سورفاکتانت ها ( یا مواد سطحی ) به کیت استخراج DNA که در لیز سلولی نیز نقش دارند .
- حذف پروتئین ها با افزودن یک پروتئاز ( این مرحله اختیاری است ولی اغلب اوقات صورت می پذیرد ) .
- حذف RNA به وسیله ی افزودن RNase ( تقریبا اکثر اوقات انجام می شود ) .
- خالص سازی DNA از دترجنت ها ، پروتئین ها ، نمک ها و معرف های به کار گرفته شده در حین مرحله ی لیز سلولی در کیت استخراج DNA.
متداول ترین روش های استفاده شده در کیت استخراج DNA به صورت زیر می باشند
- ته نشینی اتانول – اغلب اوقات به وسیله ی اتانول سرد شده با یخ یا ایزو پروپانول صورت می گیرد . از این جهت که DNA در این الکل ها حل نمی شود ، یک توده را شکل می دهد که به دنبال سانتریفیوژ یک گلوله ( پلت ) تشکیل می شود . رسوب DNA به وسیله ی زیاد کردن قدرت یونی بالا می رود که معمولا برای این منظور استات سدیم اضافه می شود .
- استخراج کلروفورم – فنون که در آن فنول پروتئین های موجود در نمونه را دناتوره می کند . پس از سانتریفیوژ نمونه ، پروتئین های دناتوره شده در فاز آلی حفظ می شوند که در حالی که فاز آبی با در اختیار داشت اسید نوکلئیک در ترکیب با کلروفورم قرار دارد که سبب می شود باقی مانده های فنولی از محلول حذف شوند ( نکته : به منظور جدا کردن DNA به دنبال استفاده از فنول بافری شده تا pH 8 ، بایستی با استفاده از فنول اسیدی RNA را حذف نمود ) .
- Minicolumn Purification که بر این حقیقت تکیه دارد که اسید نوکلئیک ممکن است به فاز جامد ( سیلیکا یا چیزی دیگر ) متصل شود ( رخ دادن عمل جذب ) که این وابسته به مقدار pH و محتوای نمک بافر است .
اعمال خالص سازی در این تکنیک شامل افزودن یک معرف کی لیت کننده ( کی لیت نوعی از اتصال یون ها و مولکول ها به یون های فلزی است ) به کاتیون های دو ارزشی جدا کننده نظیر Mg2+ و Ca2+ در کیت استخراج DNA است که جلوی این را می گیرند که آنزیم هایی همانند با DNAse سبب از بین رفتن DNA شوند .
پروتئین های سلولی و هیستونی متصل شده به DNA را می شود یا با افزودن یک پروتئاز یا با ته نشین کردن پروتئین ها با به کار گیری سدیم یا استات آمونیوم ، حذف کرد یا آن ها را به وسیله ی روش کلروفورم – فنون پیش از ته نشینی DNA استخراج کرد .
پس از جداسازی ، DNA در بافر اندکی قلیایی ، معمولا در بافر TE ، یا در آب فوق خالص حل می شود .
